يقع هذا المتحف داخل معبد كوم امبو ، الذي تقول المعتقدات الفرعونية القديمة إنه خصص لعبادة «سوبك» الذي كان يرمز له بالتمساح.
و المتحف يضم 22 تمساحا من 50 تمساحا سبق العثور عليها بالمنطقة القريبة من المعبد، ووضع بعدها في (فاترينات)، (الخزائن الزجاجية) خاصة لعرضها، وهي تمثل مختلف الأعمار؛ إذ تعرض تماسيح كانت ما زالت في المرحلة الجنينية وتماسيح صغيرة وتماسيح كبيرة مختلفة في الأطوال تصل إلى نحو 5.5 متر، بجانب 8 تماسيح في توابيت ولفائف الدفن».
و «فاترينة» عرض التماسيح في هذا المتحف هي «أضخم فاترينة تجمع تماسيح في العالم كله؛ وقد روعي في تصميم طريقة عرضها أن تبدو كما لو كانت تميل على الرمال كأنها متجهة لتقترب من شاطئ النيل على ضوء القمر، وذلك باستخدام وحدات إضاءة صناعية توحي بهذا الجو الأسطوري، بالإضافة إلى مقبرة للتماسيح توضح كيف كانت تدفن في مدافن من الطمي الجاف».
هذا، ويستعرض سيناريو العرض المتحفي كيفية تحنيط التماسيح من خلال خمس مومياوات، توضح مراحل التحنيط وطريقته، وكيف كانت العملية تجرى بالدقة المعتمدة نفسها عند تحنيط الأفراد عموما، بالإضافة إلى عرض منضدة من الخشب توضع عليها التماسيح المحنطة عند تقديم القرابين لها.
